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一般说来，生物进化的具体途径有三：一是由一个类群分化为两个差别不大的类群；二是向某一个体特定方向特化，从而引起形态结构上某些方面较大的变化；三是由低等到高等，由简单到复杂，所谓“复化进化”。需要特别指出的是生物的进化彼此间是相互交错的，同时还包括特化与退化两个方面。因此在分类上通常第一个途径用亚种、种、属表示，而部分属、科、目则与第二个途径相符，部分目、纲、门则与第三个途径相符，在对生物分类时。要根据自然的情况。排列合乎实际的自然系统。
对鱼的分类方法有两种，一是按鱼的外部形态及习性等方面的一个或几个特征作为分类标准，并不涉及亲缘关系，不考虑鱼的基本结构及演化关系，这是依靠人的主观见解来划分的。另一种是依靠鱼的形态、生态、生理、发生、化石演化关系等知识来分类，这是自然分类法。随着科学技术的发展，在分类学方面还出现了一些新的方法。如细胞分类法、化学分类法、分子分类法等。
1844年缪勒第一次将鱼类列为脊椎动物的一个纲，以下分为6个亚纲，14个目。此后，雷根、古德里奇、琼丹又先后用自己的方法对鱼类进行了分类。1955年贝尔格在《现代和化石鱼形动物及鱼类分类学》一书中，将现生和古生鱼类分为12个纲，119个目，每一个纲、目、科都有特征描述，1966年格林伍德、罗逊等人依据胚胎发育、稚鱼是否变态、内部形态解剖，将真骨鱼分成3大类，8个总目，30个目和82个亚目。1971年拉斯将鱼类分为软骨鱼纲和硬骨鱼纲。1994年纳尔逊又对鱼类进行了更为系统的分类，他在《世界鱼类》一书中，根据骨骼学、系统发育学、胚胎学、形态学、比较解剖学、古生物学及比较生物化学的原理,较为完整地对鱼类进行了分类。
目前，世界海洋鱼类分为头索动物亚门和脊推动物亚门。在头索动物亚门中的鱼种，脊索和神经管纵贯全身，终生保留，无头颅，无脊椎。无软骨和硬骨，心脏为一能跳动的腹血管。无红血球：具有肝盲囊，肌肉分节：表皮由单层细胞组成。鳃孔众多，开口于围鳃腔。原肾
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